石河子大学发展规划处成立于2005年3月；2008年12月更名为发展规划处、“211工程”办公室，下设发展规划与考评办公室、“211工程”重点建设项目管理办公室、学科建设与发展办公室3个科室；2017年6月，更名为发展与规划处、“一省一校”工程办公室，下设规划与考评办公室、重点项目管理办公室、高等教育研究室。2022年6月,高等教育研究室并入石河子大学政策研究室。

重点项目管理办公室主要负责学校重大项目储备和可研报审等前期工作，统筹中央支持地方高校改革发展资金，承担部门办公室业务。

规划与考评办公室主要负责学校发展战略研究与综合改革，编制实施学校发展战略及事业发展规划、开展学院年度综合考评，制定学校招生计划等。